Gener for covid-19 modstandsdygtighed: identifikation af DNA-markører, der svarer til modstand og modtagelighed over for coronavirus.

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


Coronaviruser (CoV'er) (orden Nidovirales, familie Coronaviridae, underfamilie Coronavirinae) er ansvarlige for udbrud af luftvejssygdomme hos mange vertebrater. De er en stor familie af enkeltstrenget RNA-indpakkede virusser (+ssRNA), som kan isoleres i forskellige dyrearter. De har genomstørrelser på mellem 26 og 32 kilobaser (kb) i længden, hvilket gør dem til de største genomstørrelser for RNA-virusser (og dermed øger effektiviteten af ansigtsmasker). COVID-19, også kendt som svær akut respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) eller "ny coronavirus 2019", er et nyt virus, og vi er lige begyndt at forstå modstandsdygtighed og modtagelighed hos mennesker.


COVID-19 ligner alvorligt akut respiratorisk syndrom (SARS) i den forstand, at begge vira inficerer deres menneskelige værter via samme receptor, angiotensin-konverterende enzym 2 (ACE2 receptor), og forårsager lignende kliniske og patologiske træk. Interessant nok er spike-proteinet, som er ansvarligt for receptorbinding, meget ens mellem 2019-nCoV og SARS-CoV, dette er et resultat af betydelig udvælgelse for den samme receptor (Wu., 2020). Forskning i, hvordan vores kroppe forsvarer sig mod SARS, kan afsløre, hvordan vores kroppe kan forsvare sig mod covid-19. Flere nylige Genome Wide Association Studies (GWAS) har givet en meget dybere indsigt i de genetiske variationer, der kan hjælpe med at forklare, hvorfor nogle individer er næsten upåvirkede af COVID-19, og for andre er virusset livstruende eller endda dødeligt.

I dette indlæg giver vi en gennemgang af den peer-reviewed litteratur og præsenterer information om kandidatgener for SARS-CoV-resistens. Hvis du har taget en hjemme-DNA-test som dem, der er tilgængelige fra 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, kan du evaluere dine rå DNA-data og se, hvordan din DNA-sekvens sammenligner med forskningsresultaterne.


Hvordan analyserer du dit DNA for coronavirus modstandsdygtighed eller modtagelighed?


Trin 1) Download din rå autosomale DNA-fil og gem den et sikkert og sikkert sted. For at analysere dine DNA-data, skal du starte med at downloade din rå autosomale DNA-fil og gemme den et sikkert sted. Her er instruktioner til at downloade din rå DNA-fil fra: '. 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Trin 2) Analyser din rå DNA-fil.


'Søg i dit rå DNA-data ved hjælp af en teksteditor som "text wrangler" eller "notepad" ved hjælp af "find" funktionen, eller ved hjælp af kommandolinjen. Åbn din rå DNA-fil, og du vil bemærke overskrifterne for unikke SNP ID (rs# eller i#), kromosom, position og genotype. Formaterne varierer lidt mellem hver direkte til forbruger DNA-testvirksomhed. For at vurdere din risiko for dårlig bedring fra COVID-19, skal du kigge efter disse DNA-markører beskrevet nedenfor: Flere Genome Wide Association Study (GWAS) blev for nylig offentliggjort, der beskriver lokusser forbundet med åndedrætsfejl hos patienter smittet med SARS-CoV-2, og tre studier identificerede SNP-markører i det samme ~50 kb genomiske segment, der er arvet fra neandertalere.' (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Derudover identificerede disse GWAS-studier også en række andre DNA-markører, der er forbundet med COVID-19, og hver af disse præsenteres i tabellen nedenfor.


Derudover inkluderer denne post også andre DNA-markører, herunder rs4804803, som var forbundet med SARS, og dem, der er placeret i angiotensin-konverterende enzym-2 (ACE2) receptoren, som er blevet bevist at være den samme receptor for det humane respiratoriske coronavirus NL63, SARS-coronavirus (SARS-CoV) og det nye coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Da spike-proteinet i coronavirus er udviklet til at matche ACE2-receptoren, er det sandsynligt, at personer med variationer, der ændrer proteinsekvensen, vil have en vis grad af modstand mod covid-19. Nedenfor er ikke-synonymer SNPs fra ACE2-transkriptet NM_021804.2, og af særlig interesse er SNPs, der forårsager store ændringer som rs199951323, som resulterer i en for tidlig stopkodon.
'Gen' dbsnp Kromosom (GRCh37). POS REF ALT 'Risiko Alleler' 'Marker Effekt' Reference betyder henvisning eller reference til noget eller nogen. Det kan også betyde en person, der kan give information eller anbefalinger om noget.
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Modtagelig variant T:T og T:C hos mænds oddsforhold 1,44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G risiko genotyper G:G og A:G, 3_prime_UTR_variant Oddsforhold for indlæggelse = 8,29.
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G risiko genotyper G:G og A:G, intron_variant, genisk opstrøms transkript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 'Har højere modtagelighed for åndedrætsfejl, intron_variant' odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C risiko genotyper T:C og C:C, intron_variant Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7. Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A 'risiko genotyper G:A og A:A, intron_variant' Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G risiko genotyper G:A og G:G, intron_variant Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C risiko genotyper C:T og C:C, intron_variant Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
ABO rs657152 9 136139265 A C or T En risiko-allel, intron_variant. odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - 'Risikoallel er sletningen'. p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T 'Sårbare variationer T:T, C:T' p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G 'Sårbare variationer T:T og T:C' odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T risiko genotyper T:G og T:T, missense_variant Made et al., 2020;
Synonyme SNPs placeret i ACE2
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C 'splice_region_variant+intron_variant' 'splejsningsområde_variant+intron_variant' c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T 'splice_region_variant+intron_variant' 'splejsningsområde_variant+intron_variant' c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T 'splice_region_variant+intron_variant' 'splejsningsområde_variant+intron_variant' c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. p.Ser19Pro/c.55T>C
'SNPs forbundet med SARS'
CD209 rs4804803 19 7812733 A G 'Susceptibel genotype A:A, opstrøms_transkript_variant' NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


En interessant observation at bemærke er, at ACE2-genet er placeret på X-kromosomet, hvilket betyder, at mænd kun vil arve én kopi af dette gen. Den ekstra diversitet, som kvinder får fra deres anden kopi af ACE2-genet på deres andet X-kromosom, kan delvist forklare, hvorfor kvinder er mindre modtagelige for covid-19.


Trin 3) Sammenlign dit genotype/SNPs med yderligere forskningsresultater.

Der er en rigdom af ressourcer, der beskriver information om denne SNP. Tjek dbSNP og SNPedia.


dbSNP

'dbSNP indeholder menneskelige enkelt nukleotid variationer, mikrosatellitter og småskala indsatser og sletninger sammen med publikationer, populationsfrekvens, molekylær konsekvens og genomisk og RefSeq kortlægningsinformation for både almindelige variationer og kliniske mutationer.'


SNPpedia

'SNPedia er en wiki, der undersøger menneskelig genetik. De deler information om virkningerne af variationer i DNA, med henvisning til videnskabelige publikationer, der er blevet gennemgået af fagfæller. Det bruges af Promethease til at skabe en personlig rapport, der forbinder dine DNA-variationer med den offentliggjorte information om dem.'



**Hvis du er bekymret for noget, du ser i dine DNA-resultater, bedes du tale med din læge eller en genetisk rådgiver.




Leder du efter alternativ DNA-analyse? Prøv nu DNA Romance matchmaking service. ;-)

Tag en gratis personlighedstest.

FÅ EN KOMPATIBILITETSRAPPORT FOR PAR.

The DNA Romance App works on any device, providing a seamless experience across all platforms.