Geni per la resilienza del covid-19: identificazione di marcatori del DNA corrispondenti alla resistenza e alla suscettibilità al coronavirus.
I coronavirus (CoV) (ordine Nidovirales, famiglia Coronaviridae, sottofamiglia Coronavirinae) sono responsabili di epidemie di malattie respiratorie in molte specie di vertebrati. Sono una grande famiglia di virus a singolo filamento di RNA con envelope (+ssRNA) che possono essere isolati in diverse specie animali. Hanno dimensioni del genoma comprese tra 26 e 32 chilobasi (kb) di lunghezza, rendendoli i genomi più grandi tra i virus a RNA (aumentando di conseguenza l'efficacia delle mascherine). COVID-19, noto anche come sindrome respiratoria acuta grave da coronavirus 2 (SARS-CoV-2) o "nuovo coronavirus 2019", è un nuovo virus e stiamo appena cominciando a comprendere la resistenza e la suscettibilità negli esseri umani.
Il COVID-19 è simile alla sindrome respiratoria acuta grave (SARS) nel senso che entrambi i virus infettano i loro ospiti umani attraverso lo stesso recettore, l'enzima di conversione dell'angiotensina 2 (recettore ACE2), e causano caratteristiche cliniche e patologiche simili. Interessante notare che la proteina spike, responsabile del legame con il recettore, è altamente simile tra il 2019-nCoV e il SARS-CoV, questo è il risultato di una significativa selezione per lo stesso recettore (Wu., 2020). La ricerca su come i nostri corpi si difendono dalla SARS potrebbe rivelare come i nostri corpi potrebbero difendersi dal covid-19.
Diversi recenti studi di associazione a livello genomica (GWAS) hanno fornito una visione più approfondita delle variazioni genetiche che possono aiutare a spiegare perché alcuni individui sono praticamente immuni al COVID-19, mentre per altri il virus è potenzialmente letale.
In questo post, forniamo una recensione della letteratura sottoposta a revisione paritaria e presentiamo informazioni sui geni candidati per la resistenza al SARS-CoV. Se hai effettuato un test del DNA a casa come quelli disponibili da 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, puoi valutare i tuoi dati del DNA grezzi e vedere come la tua sequenza del DNA si confronta con i risultati della ricerca.
Come analizzare il tuo DNA per la resistenza o la suscettibilità al coronavirus?
Passo 1) Scarica il tuo file raw del DNA autosomico e salvalo in una posizione sicura e protetta.
Per analizzare i tuoi dati del DNA, inizia scaricando il tuo DNA autosomico raw e salvalo in una posizione sicura.
Ecco le istruzioni per scaricare il tuo file raw del DNA da: '. Fornisci la traduzione in italiano. 23andMe,
Ancestry
DNA,
Family
Tree DNA,
Dante
Labs,
My
Heritage,
Genes For Good,
Vitagene,
and Living DNA.
Passo 2) Analizza il tuo file DNA grezzo.
Cerca i tuoi dati grezzi del DNA utilizzando un editor di testo come "text wrangler" o "notepad"
utilizzando la funzione "trova",
o utilizzando la riga di comando.
Apri il tuo file grezzo del DNA e noterai le intestazioni dei ID SNP unici (rs# o i#), cromosoma, posizione e genotipo. I formati differiscono leggermente tra le diverse aziende di test del DNA diretto al consumatore.
Per valutare il tuo rischio di scarsa guarigione dal COVID-19, cerca questi marcatori del DNA descritti di seguito:
Sono stati recentemente pubblicati diversi studi di associazione a livello genomica (GWAS) che descrivono loci associati con insufficienza respiratoria nei pazienti infettati da SARS-CoV-2 e tre studi hanno identificato marcatori SNP nello stesso segmento genomico di circa 50 kb che è ereditato da Neandertal. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Inoltre, questi studi GWAS hanno identificato anche una serie di altri marcatori del DNA associati al COVID-19, e ognuno di essi è presentato nella tabella qui sotto.
Inoltre, altri marcatori del DNA inclusi in questo post sono rs4804803 che è stato associato alla SARS, e quelli posizionati nel recettore dell'enzima di conversione dell'angiotensina-2 (ACE2) che è stato dimostrato essere lo stesso recettore per il coronavirus respiratorio umano NL63, il coronavirus della SARS (SARS-CoV) e il nuovo coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Poiché la proteina spike del coronavirus si è evoluta per corrispondere al recettore ACE2, è probabile che gli individui con variazioni che alterano la sequenza proteica risultino in un certo grado di resistenza al covid-19. Di seguito sono riportati SNP non sinonimi dal trascritto ACE2 NM_021804.2 e di particolare interesse sono gli SNP che causano cambiamenti significativi come rs199951323 che porta a un codone di stop prematuro.
| Gene | dbsnp | Cromosoma (GRCh37) | POS | REF | ALT | 'Alleli di rischio' | Effetto del pennarello. | 'Riferimento' |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | Varianti suscettibili T:T e T:C nei maschi.s | rapporto di probabilità 1,44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | 'genotipi a rischio G:G e A:G, variante 3_prime_UTR' | Il rapporto delle probabilità per l'ospedalizzazione è di 8,29. | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | genotipi a rischio G:G e A:G, variante intronica, variante trascritta genica a monte | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- 'hanno una maggiore suscettibilità alla insufficienza respiratoria, variante intronica' | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | 'genotipi a rischio T:C e C:C, variante intronica' | Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7. | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | 'genotipi a rischio G:A e A:A, variante intronica' | Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7. | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | 'genotipi a rischio G:A e G:G, variante intronica' | Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7. | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | 'genotipi a rischio C:T e C:C, variante intronica' | Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7. | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | Un allele di rischio, variante intronica. | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | L'allele di rischio è la delezione. | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | Variazioni suscettibili T:T, C:T. | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | Variazioni suscettibili T:T e T:C. | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | genotipi a rischio T:G e T:T, variante missenso. | Made et al., 2020; | |
| 'SNP sinonimi posizionati in ACE2' | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | 'variante missenso' | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | 'variante missenso' | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | 'variante missenso' | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | 'variante missenso' | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | 'variante missenso' | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | 'variante missenso' | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | 'variante missenso' | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | 'variante missenso' | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | 'variante missenso' | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | 'variante missenso' | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | 'variante della regione di splicing + variante dell'introne' | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | 'variante missenso' | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | 'variante missenso' | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | 'variante missenso' | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | 'variante missenso' | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | 'variante missenso' | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | 'variante missenso' | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | 'variante della regione di splicing + variante dell'introne' | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | 'variante della regione di splicing + variante dell'introne' | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | 'variante missenso' | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | 'variante missenso' | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| 'SNPs associati a SARS' | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | Genotipo suscettibile A:A, variante trascritta a monte. | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |
